منطقه آزاد ماکو تنها منطقهی آزاد کشور با پتانسیل های بسیار بالای معدنی است. در حال حاضر تعداد ۱۵ واحد معدنی فعال در منطقه مشغول به فعالیت می باشد. عمده معادن این منطقه از نوع سنگهای ساختمانی و نما میباشد. علاوه بر آن، معادن فلزی مانند مس (مس قره تپه و قره آغاج)، آهن و غیر فلزی مانند سیلیس (ایلان قره و عیسی خان) و منیزیت و همچنین مواد معدنی سنگ لاشه، بازالت صنعتی، شن و ماسه، آهک، گچ نیز جزء معادن دارای پتانسیل و فعال منطقه به حساب میآید.
امور و فرآیندهای معدنی از سال ۹۴ به سازمان منطقه آزاد ماکو محول و در این مدت با بهره گیری از توانمندیهای کارشناسان زبده اقدامات قابل توجهی در رونق بخشی فعالیتهای معدنی منطقه به عمل آمده است. با توجه به وجود معادن متنوع و متعدد سنگ های تزئینی، ذخایر فلزی مانند مس و آهن، و غیرفلزی مانند سنگ آهک، منیزیت و سیلیس (کوارتزیت) و آثار فسفات، بوکسیت، کبالت، سرب، روی و کادمیم در صورت فراهم شدن شرایط مذکور تحول عظیم و چشمگیری در فعالیتهای معدنی منطقه بوجود خواهد آمد